Переход ко второму большому тематическому разделу, озаглавленному «Естество», связан с определенными трудностями теоретического и методологического характера и усложнен проблемой совместного выражения содержания онтологии и метафизики. Сравнение онтологии и метафизики не означает только работу по их инструментально-понятийному разграничению или разведению по типам научного знания. Такого нейтрального посредника или медиума, сводящего или разводящего неких субъектов, разделяющего и, значит, властвующего, между онтологией и метафизикой, вероятно, нет. Разведение/сведение зависит не от субъективной прихоти конкретной персоны, а от внутренних установок самих онтологии и метафизики. Изначальная связь между философами основывается не на знании, а на общей принадлежности к собственно философии. Эта принадлежность может быть врожденной или сотворенной, знаемой или незнаемой. Философы всегда предупреждали об особом ученом незнании (docta ignorantia), с помощью которого постигаются онтологические и метафизические «предметы».
Перед нашим взглядом и слухом сейчас стоят два слова — онтология и метафизика, которые сами по себе что-то да значат. По какому признаку можно сравнить эти слова, учитывая, что акт сравнения подразумевает установление тождества и отличия сравнимостей? Например, сравнивая «яблоко» и «грушу», мы различаем их по «виду», но отождествляем по «роду», коим является «плод», являющийся более общим понятием, включающим в свой объем «яблоко», «грушу» и многое другое без различия.